Muchas gracias por el post Nacho. Me ha sido de gran utilidad.
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Tenía unos TIFF con background (255,255,255), pero al convertirlos a ECW para aligerarlos la compresión me había generado valores de pixel distintos al blanco. Al final he implementado transparencia por pixel para todos los pixel cuyo valor sea >=251 en cualquiera de sus componentes RGB
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El código me ha quedado así, por si es útil a alguien:<br/><br/>

logger.debug("Aplico Transparencia por pixel");<br/>
GridTransparency  transparency = lyrRaster.getRenderTransparency();<br/>
transparency.clearListOfTransparencyRange();<br/>
//Asignamos transparencia por pixel a los valores RGB entre 251 y 255<br/>
List<TransparencyRange> entradas = new ArrayList<TransparencyRange>();<br/>
String strEntry = "255 | 255 | 255";<br/>
entradas.add(new TransparencyRange(strEntry));<br/>
strEntry = "254 | 254 | 254";<br/>
entradas.add(new TransparencyRange(strEntry));<br/>
strEntry = "253 | 253 | 253";<br/>
entradas.add(new TransparencyRange(strEntry));<br/>
strEntry = "252 | 252 | 252";<br/>
entradas.add(new TransparencyRange(strEntry));<br/>
strEntry = "251 | 251 | 251";<br/>
entradas.add(new TransparencyRange(strEntry));<br/>
transparency.setTransparencyRangeList((ArrayList) entradas);<br/>
transparency.activeTransparency();<br/>
<br><hr align="left" width="300">
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